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分子建模软件包Spartan' 20 改进的地方

Spartan' 20改进的地方!从Spartan' 20 版本开始,许可证都是“并行”许可证(使用多个内核),Spectra和属性数据库(SSPD)。“单核”版本已停产。


Spartan' 20 Parallel Suite的新功能


NMR.

Boltzmann Averaged NMR.已经实施了一种新的用于计算构象柔性分析的NMR化学位移。通过从提供与实验匹配的质子和13C化学位移的低能构象体中进行选择,替代了玻尔兹曼重量的计算(Spartan' 18中发布的记录中的缓慢步骤)。


合成化学家对NMR光谱的用途是为“已知”反应建立立体化学(有时是区域化学)。通过将自动异构体生成与先前或新的处理构象柔性分子的方案结合起来,Spartan' 20可以一步完成,从异构体的单个构象体开始质子和13C化学位移已经构象异构体的平均数(或在新方案的情况下。适合实验数据)。可以检查DP4分数,以确定哪种异构体适合实验质子和/或13C化学位移。


耦合常数。基于计算的耦合常数(先前在Spartan' 18中可用)基于2键和3键CH耦合常数的经验关系。尽管早就可以使用3键HH耦合常数的经验(类似karplus的)关系(在Spartan中),这位CH耦合常数提供了复杂数据。


2D NMR光谱。2DNMR光谱,COZY(质子 vs 质子)和HMBC(13C vs 质子),基于计算的化学位移以及计算或经验估计的HH和CH耦合常数。带有或不带有实验耦合的2D显示器。


数据库

天然产物数据库。天然产物数据库,具有构象平均的NMR光谱和实验光谱。

现在大约有3,500化合物(并且还在不断增长,正在用新的文献进行更新,因此在未来几年中它会适度增长)。


Spartan光谱与数据库(SSPD)。Spartan光谱与功能数据库(SSPD)子集(随程序自动安装)以扩展,以ωB97X-D/6-31G*模型结构的红外频率。现在来自ωB97X-V/6-311+G(2df,2P)能量的能量(作为属性)。这些属性可以从分子性质和反应中获得。


基础设施

与实验耦合常数的输入以及计算值相关的比较/确认有关的附加功能产生了为Spectra Data的新菜单。


图形界面

生成异构体。新工具提供了自动立体异构体/区域异构体的详细信息。输入物由带有标记的单个分析(异构体)组成,以指示要反转的中心(立体异构体)和要修饰的键(区域异构体)。结果是异构体列表。然后,该列表可以以a/an的形式提交:


平衡构象计算得出异构体的构象列表构象分布计算得出异构体的玻耳兹曼加权构象列表通过NMR得出异构体的DP4分数。


未来的发展将把这一点扩展到反应,自动产生对异构体产物的过渡态的猜测。


2D图纸。Spartan衍生的二维图纸(从草图生成器)已得到改进,以允许一位用户选项增加计算数(单到双,双到三)。还通过楔子对立体化学的设计进行了改进,用于可以立即用楔子构建,而不用修改现有的键。计算的HH和CH耦合的可视化已经在二维和三维中实现,实验位移的用户输入也已经在二维中实现。


输出摘要。这种HTML表示格式已经得到了改进,因为一些数据表在打开时是动态计算的。


计算增强的并行处理


核磁共振和频率对并行性能进行了改进,以前在大约10个核上看到了性能稳定。现在在大约15个核(能量和几何计算)处开始稳定。随着芯片中可随时获得的核心数量的不断增加。


不久的将来。对频率码的并行性能进行了适度的改进。

未来的开发工作NMR代码的并行化。


Spartan' 20 Parallel Suite将利用16个内核来进行并行作业,并且可以选择许可超过16个内核(适用于多核系统),对新的Q-Chem版本(5.2.1编制本清单时),是持续合作的结果(与2002年发布的Spartan' 02开始)。通过这种合作,客户将从Spartan代码库中的GUI增强功能中受益,以及Q-Chem中的计算方法和现代计算方法的范围不断扩大。




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