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Oligo | 引物设计软件

OLIGO Primer Analysis Software 是设计和分析测序和 PCR 引物、合成基因以及包括 siRNA 和分子信标在内的各种探针的必备工具。


根据新的近期邻热力学数据,Oligo的搜索算法可找到用于PCR的引物,包括TaqMan、高度多重、一致或简并引物。多文件批处理是可能的。它也是定点诱变的宝贵工具。


对于每个引物或引物对,Oligo的各种分析窗口显示大量有用的数据,例如DNA和RNA二级结构、二聚体形成、假引物和同源新、内部稳定性、组成和物理特性。使用Oligo,您可以分析开放阅读框,以预测蛋白质的分子量 和pKa,并搜索限制性内切酶位点,在DNA中,而且在逆向翻译的蛋白质中。


该软件版本于1989年面市,历经多次修改,版本6到版本7变化为全面。Oligo 7可以自动选择多重引物,批量处理序列文件,自动设计PCR引物以在一次搜索中覆盖多个DNA区域,并自动查找实时PCR的引物/探针组或查找嵌套引物组。寡核苷酸搜索协议(评分系统)可以详细定制,因此您可以根据您的特定需求优化结果。Oligo 在 Macintosh 和 Windows 上运行,可以从该站点下载。单击上面的教程链接以查看 Oligo 7 概述和主要窗口屏幕设计。OLIGO的全面功能与其他几种商业引物设计应用程序相匹配,因此您可以设计用于高通量分析的探针,将它们进行多路复用或专注于一组引物/探针,并针对新的、尚未发布的应用程序对其进行优化。


当您启动Oligo时,您需要打开一个序列文件进行分析。使用文件打开菜单或双击序列图表。File-Open窗口,如下所示,让您选择所需的系列文件。


由于Oligo会打开多种类型的文档,如果它显示其他内容,您可以将对话框设置为“打开为:核算”。如果序列具有*.seq扩展名,Oligo会是被它们,但是*.txt文件也兼容。选择序列文件后,您将看到序列窗口,如下所示。江苏表移到该窗口的区域上以进行说明。


此时,您可以修改序列、搜索引物/探针或使用分析选项。


序列编辑:

有两种类型的序列编辑窗口,对于引物或探针编辑,默认为诱变窗口,对于整个序列编辑,默认为全屏编辑窗口。您可以在任一窗口中编辑整个序列以及单个寡核苷酸。每个编辑窗口都包含自己的菜单。


全屏编辑窗口显示整个序列或显示选定的寡核苷酸。可以在此编辑核算或蛋白序列。



诱变窗口在一行中显示编辑的序列。在这种编辑模式下,您可以通过重新定位光标,从核算序列切换到蛋白质序列。该窗口还显示稳定的发夹、密码子概率(插入点的aa)以及显示序列的其他几个特征。


氨基酸序列中残基的各种颜色代表每个残基的密码子频率。强的发夹环显示在窗口的底部,并在您修改序列时实时重新计算。一旦序列被接受,您就可以编辑其特征或执行各种搜索和分析。


特征:



该窗口允许添加、删除和更改序列特征,通常作为注释与GenBank序列文件相关联。这些特征以图形方式显示在Sequence窗口中,而且是Oligo搜索的组成部分,因为它们可以用作搜索范围。当您使用Oligo保存序列时,这些特征也将保存在一个简单的文本格式文件中。


Oligo数据库功能

数据库窗口允许您创建和保存用于存储寡核苷酸和寡核苷酸组数据的新数据库。它也是一个缝合多重搜索供。在寡核苷酸搜索之后,您可以将全部或部分找到的寡核苷酸导入数据库。


数据库显示为表格。右侧的列显示了每个Oligo的某些分析数据:二聚体自由能、相容性(SC表示自相容)、引发效率(PE)和Tm值以及相对于考虑不匹配(pe和tm)的链接序列值。您可以检查或选择寡核苷酸苷酸集,然后分析它们的二聚体和发夹或导出到另一个序列。您还可以运行搜索以查找交叉兼容的引物组(多重数据库)。搜索后,当您选择一组交叉兼容的引物并单击“选择”按钮时,您将得到以下信息:


一组引物在一个反应混合物中不应相互干扰。数据库有自己的参数,所以与之前的Oligo版本不同,您可以打开它并分析寡核苷酸,而无需打开父序列文件。完成此操作后,您将无法计算实际 PE 和 Tm - 您只会看到如上所示的破折号。


通用和省时的选项使多路复制整个集合。


多路复用集。此处的数据包含从3个文件(使用批量搜索选项制作)中搜索时TaqMan引物/探针组的结果。这些集合使用分析-多路复用全部 - 集合 - 查找全部组选项进行多用复用。显示在数据库窗口的底部:


单击“选项”按钮并检查该组中的全部寡核苷酸后,您可以看到组#1包含来自全部三个序列文件的几何。为说明起见,上面全出了其中一组,#4.它包含正向和反向引物(分别为寡核苷酸#10和13)和探针(寡核苷酸#16)。该数据链接到一盒序列文件(Human eIF-4E.seq),如窗口底部所示。请注意,其他序列文件的一些引物与链接的序列不匹配。这是数据库窗口提供的另一种类型的分析。


Oligo Primer 分析软件是一个 32 位和 64 位 Java 应用程序,对本地硬件进行了大量编码,以实现高速计算。


软件要求

计算机类型:配备 Power PC 或 Intel 处理器和 Pentium 或更高版本的 Macintosh

操作系统 Mac:10.3 或更高版本(包括 10.5);PC:Windows 95 及更高版本,包括 Windows Vista

磁盘空间和 RAM 要求:分别为 20M 和 128M


注意:Oligo 7 适用于新的操作系统,包括 Windows 10 和 Mac OS 10.14。 

10.10.5 及以上系统的 Mac 上的 Oligo 需要使用新的 Java 版本。

适用于 Mac 的 Oligo 也可以在Oracle 的适用于 Mac OS 的新 Java 上运行,但为了使其工作,您需要下载这个特殊的 OLIGO 版本并使用 Control 并单击 Oligo 图标来初次启动 Oligo,然后选择 Open from快捷菜单。


Oligo 可用于运行常见操作系统(包括 Windows Vista、Windows 10 和 Mac OS 10)的Macintosh 和 Windows 计算机。该软件不需要特殊硬件。




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