基因组设计与分析软件Geneious 2023版本的新功能

Geneious Prime 2023带来了改进的引物设计和克隆。亮点包括引物特异性测试、克隆验证、STAR RNA-seq映射器和CRISPR改进。

 

Geneious Prime 2023的新功能

 

引物特异性测试

通过新的引物特异性测试一步设计目标特异性引物。

 

 

 

克隆验证

用于在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新可视化工具。

 

 

 

STAR RNA-seq映射器

添加了STAR,这是一种RNA-seq映射器,可执行高度准确的拼接序列比对。

 

 

 

CRISPR改进

添加了更多PAM和选择单个序列进行特异性测试的能力。

 

次要功能和可用性改进:

  • CRISPR:启用单个脱靶序列的选择

  • 命令行界面:现在支持使用数据库文件夹作为输入

  • Geneious Academy:在“帮助”菜单中添加了指向新Geneious Acadeny的快捷方式

  • 一般:在网络数据库上加载选定文档的进度报告不再阻止用户活动

  • 预处理:BBDuk不再需要单独的插件来使用

  • 用户界面:下拉菜单现在支持过滤,更清楚的显示何时可以输入自定义值

 

修复和小改动:

  • 注释:

  • 修复了导出带有“Paired Primer”列的注释表时的崩溃

  • 修复了在注释表中按删除有时不会删除所选注释的问题

  • Bowtie2:更新至Bowtie2 2.4.5

  • CRISPR:为分析CRISPR编辑结果添加了maximum间隙大小选项

  • 命令行界面:修复了无法在本地数据库中找到文档的错误

  • 深色模式:调亮序列查看器选择的数字颜色

  • De Novo Assembly:修复了当maximum不匹配设置设置为0时有时会产生包含不匹配的结果

  • 从头组装和映射到参考:现在立即失败,而不是有时在内存不足后继续

  • 一般的:

  • 使用间隔符时重新格式化连接的文件名

  • 如果提供的名称无效,创建或重命名文件夹将要求另一个名称

  • 在文件菜单中添加了另存为PDF... 选项

  • 修复了批量重命名很大的序列列表时的崩溃

  • 改进了文档保存性能,尤其是在网络数据库上

  • 修复了在启动期间收集系统信息时发生的罕见崩溃

  • Group Sequences:修复了将蛋白质序列与成对的核苷酸序列分组时的崩溃

  • MAFFT:将MAFFT更新至版本7.490

  • MUSCLE:将MUSCLE算法更新至5.1版

  • 内存:在处理一些大数据集时减少内存使用

  • SPAdes:将SPAdes更新到版本3.15.5

  • 示例文档:添加了SARS-CoV-2基因组

  • 序列视图:添加了在放大蛋白质序列视图时关闭三个字母氨基酸的选项

  • 共享数据库:将默认的mysql-connector更新为8.0.28

  • 共享数据库:修复了共享数据库中的文档索引由于文档损坏而无法继续的错误

  • 启动:添加了一个进度条以显示启动Geneious的进度

 

其他注意事项:

  • 16S生物多样性:删除了16S生物多样性工具

  • 插件开发工具包:修复了DocumentUtilities.getDocumentsByURN()与其javadoc不匹配的返回行为

  • 公共API:添加了一个API以向下拉列表中的项目添加图章

  • TopHat:删除了TopHat RNAseq映射器

 

 

 

 

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2022-12-01 15:15
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