SeqMan Pro：小规模序列组装与查看工具

SeqMan Pro既是用于小规模序列组装（质粒、PCR产物等）的序列组装工具，也是用于查看所有组装的工具，包括基于BAM比对文件的项目。对于较大的测序项目和使用下一代数据的项目，DNASTAR的SeqMan NGen用于组装过程，而SeqMan Pro用于查看和分析完成的组装。

使用SeqMan Pro作为组装工具：

• 序列组装：SeqMan Pro可以组装来自测序项目的片段数据，支持数万个片段的项目（较大的项目，包括人类基因组大小，可以使用SeqMan NGen进行组装）。
• 数据兼容性：支持多种文件格式，包括自动测序仪的迹数据、DNA Multi-seq（*.mseq）文件和使用454™技术的数据输出。
• 修剪和组装：在进行修剪、组装修剪数据和生成一致性序列之前，删除不可靠的数据，如质量不佳的末端和污染序列。
• 组装方法：提供两种组装方法 - 经典组装器和组装器，每种方法适用于不同类型的数据和分析需求。

查看和编辑功能：

• 一致性查看：提供各种显示模式，如对齐视图、策略视图、特征表、变异报告和引物行走报告，用于查看一致性、特征和其他组件。
• 多样本分析：支持显示和分析多样本数据，包括使用SeqMan NGen组装的带MID标签的454样本。
• 编辑和变异计算：支持编辑SeqMan Pro（.sqd）和Phrap（.ace）组装，并可以对其变异进行统计计算。不过，SeqMan Pro支持查看基于BAM的项目，但不支持对这些项目中的编辑或变异计算，这些变异是在使用SeqMan NGen进行组装时计算的。

注意事项：

SeqMan NGen生成包含每个contig的BAM比对文件、BAM索引文件、模板文件、变异文件和覆盖文件的组装项目。基于BAM的项目可以是有缺口的或无缺口的，但始终包含纯粹的BAM contig。

由于BAM比对文件不可编辑，因此一些SeqMan Pro流程无法应用于基于BAM的项目。本手册中标记了不适用于基于BAM的项目的主题和命令。