SeqMan Pro:小规模序列组装与查看工具

 

SeqMan Pro既是用于小规模序列组装(质粒、PCR产物等)的序列组装工具,也是用于查看所有组装的工具,包括基于BAM比对文件的项目。对于较大的测序项目和使用下一代数据的项目,DNASTAR的SeqMan NGen用于组装过程,而SeqMan Pro用于查看和分析完成的组装。

 

 

使用SeqMan Pro作为组装工具:

 

  • 序列组装:SeqMan Pro可以组装来自测序项目的片段数据,支持数万个片段的项目(较大的项目,包括人类基因组大小,可以使用SeqMan NGen进行组装)。
  • 数据兼容性:支持多种文件格式,包括自动测序仪的迹数据、DNA Multi-seq(*.mseq)文件和使用454™技术的数据输出。
  • 修剪和组装:在进行修剪、组装修剪数据和生成一致性序列之前,删除不可靠的数据,如质量不佳的末端和污染序列。
  • 组装方法:提供两种组装方法 - 经典组装器和组装器,每种方法适用于不同类型的数据和分析需求。

 

 

查看和编辑功能:

 

  • 一致性查看:提供各种显示模式,如对齐视图、策略视图、特征表、变异报告和引物行走报告,用于查看一致性、特征和其他组件。
  • 多样本分析:支持显示和分析多样本数据,包括使用SeqMan NGen组装的带MID标签的454样本。
  • 编辑和变异计算:支持编辑SeqMan Pro(.sqd)和Phrap(.ace)组装,并可以对其变异进行统计计算。不过,SeqMan Pro支持查看基于BAM的项目,但不支持对这些项目中的编辑或变异计算,这些变异是在使用SeqMan NGen进行组装时计算的。

 

 

注意事项:

 

SeqMan NGen生成包含每个contig的BAM比对文件、BAM索引文件、模板文件、变异文件和覆盖文件的组装项目。基于BAM的项目可以是有缺口的或无缺口的,但始终包含纯粹的BAM contig。

 

由于BAM比对文件不可编辑,因此一些SeqMan Pro流程无法应用于基于BAM的项目。本手册中标记了不适用于基于BAM的项目的主题和命令。

 

 

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2024-05-30 11:30
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