晶体结构三维建模与可视化分析软件Diamond 5.1 版本新功能详解

本文为您介绍Diamond 5.1 版本新增与变更的功能。5.1 版本提供了多项功能扩展，尤其在处理金属有机框架材料时，能快速辅助构建结构单元（如有机连接体）：

通过新增指令选择结构单元（特别是分子片段），包括对称等效的原子、化学键等。
"复制样式"与"粘贴样式"功能增强，现可一步转移多个原子、化学键及其他对象的设计属性。
从选定的结构单元创建设计方案，并能将其应用于相关化合物的结构部件。

选择片段与对称相关原子等功能

Diamond 新增多个指令，使结构图编辑更为便捷：

片段选择：从已选原子或原子参数表的选定原子位点中选择一个片段。
对象选择：选择与当前选定对象相关的其他对象，例如选择属于已选原子的所有标签。
选择对称相关对象：选择与当前选定原子或其他对象呈对称等效的对象。
选择位于 x,y,z 位置的原子：选择所有未使用对称指令生成的原子，或仅选择通过对称指令生成的原子。

这些指令均可在编辑主菜单的新增 "扩展选择" 子菜单中，或结构图的右键上下文菜单中找到。

片段选择详解
"片段"是指通过强化学键（非氢键或非键接触）连接的原子基团，通常是分子的一部分或有机/无机聚合物的一部分。

选择片段：意味着选择已选原子之间的所有化学键。
取消选择片段：会同时取消选择该片段内的原子和化学键。
仅取消片段内的化学键：也可仅取消选择这些化学键，而保留原子的选中状态。

选择原子和化学键以外的对象

编辑/扩展选择/对象选择... 指令会打开一个对话框，提供多种选项来选择或取消选择与其他对象关联的对象。例如，可以【取消】选择属于已选原子的所有标签。您可以选择某一类别的所有对象，也可以仅选择与已选定对象相关联的对象。

选择对称相关位置的原子和其他对象

选择对称相关：此指令将当前选定的原子、化学键、标签和/或原子向量扩展到其对称等效的原子等。
取消选择对称相关：此指令可恢复到上一次调用"选择对称相关"前的选择状态；当从上下文菜单调用时，它会取消选择所有对称等效原子，但保留点击位置原子的选中状态。

选择所有位于 x,y,z 位置的原子或对称等效位置的原子

选择所有位于 x,y,z 的原子：此指令首先去除所有选择，然后选择当前结构图中那些源自原子参数列表、且未应用任一对称工作或晶胞整数平移的原子。
选择所有不位于 x,y,z 的原子：此指令选择所有zhi少应用了一次对称工作或在 x、y 或 z 方向进行了晶胞整数平移的原子。

缩减当前选择
新增 缩减选择 指令，作为 扩展选择 的逆向功能。它从当前选定的原子和化学键基团中蕞外围的选定原子和/或化学键开始逐步取消选择。

销毁未选中的原子、化学键等

除了删除选定对象的指令外，Diamond 现还在 构建/销毁 子菜单中提供了两个对应的逆向指令：

销毁未选中的原子和化学键：删除所有未选中的原子、化学键、接触和氢键，同时保持已选中的这些对象不变。
销毁未选中的分子：保留那些zhi少有一个原子或化学键被选中的分子。它仅会删除那些分子中没有任一原子或化学键被选中的分子。

复制与粘贴多样式对象

在 5.1 版本之前，"复制样式"和"粘贴样式"只能转移单一类型对象的设计。5.1 版本提供了以下增强：

对多种对象类型使用复制与粘贴样式
现在可以一步"复制"多个同类型或不同类型的对象。例如，可以同时复制多个原子以及化学键和标签的样式。

将样式分配给不同类型的对象
复制与粘贴样式不限于同种类对象之间。例如，可以将一个原子的颜色分配给一个或多个原子标签。

转移多面体面和边的样式
由于多面体是通过选择其中心原子来选定的，对一个作为多面体中心的原子执行"复制样式"时，会同时保存原子设计和多面体设计。当您随后对一个同样是多面体中心的原子执行"粘贴样式"时，系统会提示您解决歧义：是同时粘贴中心原子设计以及多面体面和边的样式，还是仅粘贴原子设计，或仅粘贴多面体样式？

基于选定对象创建与应用设计方案

设计方案的创建和应用不再局限于整个图片设置，现在也可以从选定的原子、化学键和/或多面体创建。这使您能够为结构单元创建一系列样式定义，以便日后随时使用。

从选择创建设计方案
显示/设计方案 子菜单中新增了 从选择创建设计方案 指令。

将设计方案应用到选择
蕞简单的方法是使用 应用 <设计方案标题> 指令。如果目标图片中有选定的对象，此指令会提示您将方案应用到整个图片还是仅应用到选定的部分。
另一种方法是使用"应用设计方案"对话框，其中的应用选项已得到扩展。