PRIMER 8 with PERMANOVA+ 与 PRIMER 8 Lite 功能对比
版本功能总览
| 功能模块 | PRIMER 8 with PERMANOVA+ | PRIMER 8 Lite | 说明 |
|---|---|---|---|
| PERMANOVA+ | 支持 | 不支持 | 扩展统计模块，包含 PERMANOVA、PERMDISP、PCO、DISTLM、dbRDA、CAP、质心图和控制图等功能 |
| Workspace 工作区 | 支持 | 支持 | 文件、视图、资源树、笔记、多图窗口和工作区撤销等 |
| Data Import and Editing 数据导入与编辑 | 支持 | 支持 | 新建、打开、编辑数据表、编辑因子/指示变量等 |
| Tools (Data sheets) 数据表工具 | 支持 | 支持 | 聚合、平均、检查、复制、合并、缺失值、排列、汇总等 |
| Tools (Resemblance matrix) 相似性/相异性矩阵工具 | 支持 | 支持 | 模型矩阵、矩阵平均、检查、变换、矩阵属性等 |
| Tools (Variable Information sheet) 变量信息表工具 | 支持 | 支持 | 变量树、检查、复制等 |
| Pre-treatment (Data sheet) 数据预处理 | 支持 | 支持 | 数据变换、标准化、累积样本、变量加权、归一化等 |
| Analyse (Data sheet) 数据表分析 | 支持 | 支持 | 计算相似性/相异性、DIVERSE、DOMDIS、PCA、SIMPER、SIMPROF、非参数单变量检验等 |
| Analyse (Resemblance matrix) 矩阵分析 | 支持 | 支持 | CLUSTER、UNCTREE、LINKTREE、kRCLUSTER、nMDS、mMDS、tmMDS、ANOSIM、RELATE、BEST 等 |
| Plots 图形 | 支持 | 支持 | 柱状图、箱线图、优势度图、ABC 曲线、点图、经验分布图、小提琴图等 |
| Wizards 向导 | 支持 | 支持 | 基础多变量分析、矩阵显示、Coherence plots 等 |
| Graph Options 图形选项 | 支持 | 支持 | 标题、标签、符号、坐标轴、图例、缩放、旋转、选择样本等 |
| Additional Graphical Elements 附加图形元素 | 支持 | 支持 | 气泡图、序列、区域、聚类叠加、树状图叠加、轨迹等 |
| Saving and Exporting 保存与导出 | 支持 | 支持 | 数据、矩阵、结果、笔记、图形和动画导出 |
| Help 帮助 | 支持 | 支持 | 帮助文档、Learning Hub、示例、检查更新、安装许可证等 |
PERMANOVA+ 专属功能明细
| 功能 | PRIMER 8 with PERMANOVA+ | PRIMER 8 Lite | 备注 |
|---|---|---|---|
| 创建 PERMANOVA 设计 | 支持 | 不支持 | 支持多因子设计、固定/随机/有限因子、嵌套与交叉结构、协变量、异质离散度和不同平方和分解方式 |
| PERMANOVA 分析 | 支持 | 不支持 | 基于相似性/相异性矩阵进行置换多变量或单变量方差分析 |
| 允许异质离散度 | 支持 | 不支持 | 用于在组间离散度不同的情况下检验质心差异 |
| 固定因子或随机因子 | 支持 | 不支持 | 适合多种实验和抽样设计 |
| 有限水平数量的因子 | 支持 | 不支持 | 介于固定因子与随机因子之间的有限因子类型 |
| 交互项 | 支持 | 不支持 | 支持模型中不同因子之间的交互 |
| 嵌套因子 / 层级设计 | 支持 | 不支持 | 适合复杂层级抽样结构 |
| 用户自定义对比 | 支持 | 不支持 | 可针对特定水平或水平组合进行先验对比 |
| 混合模型 | 支持 | 不支持 | 可处理固定效应和随机效应混合的设计 |
| 效应量 / 方差组分估计 | 支持 | 不支持 | 用于解释模型项贡献 |
| 随机区组 | 支持 | 不支持 | 支持区组设计 |
| 拉丁方设计 | 支持 | 不支持 | 支持更复杂的实验设计结构 |
| 重复测量设计 | 支持 | 不支持 | 可指定 Subject/Whole-plot error 误差来源 |
| 裂区和多级裂区设计 | 支持 | 不支持 | 支持 split-plot、split-split-plot 等设计 |
| 协变量检验 ANCOVA | 支持 | 不支持 | 可在模型中加入一个或多个协变量 |
| 协变量与因子/其他项的交互检验 | 支持 | 不支持 | 可分析协变量与设计因子的交互关系 |
| 分组协变量时空建模 | 支持 | 不支持 | 可使用指示变量组合协变量，用于周期性、季节性或时空模型 |
| 非平衡设计 Type I / Type II / Type III SS | 支持 | 不支持 | 适合样本量不均衡的数据设计 |
| 非对称设计 BACI / beyond BACI | 支持 | 不支持 | 适合环境影响评价中常见的 BACI 类设计 |
| 删除或合并模型项 | 支持 | 不支持 | 可调整模型项以匹配研究假设 |
| 改变模型项拟合顺序 | 支持 | 不支持 | 可控制模型项进入顺序 |
| 残差相异性矩阵 / 残差图 | 支持 | 不支持 | 可去除主导因子或回归变量影响后观察剩余模式 |
| PERMDISP | 支持 | 不支持 | 检验组间多变量离散度差异 |
| PCO | 支持 | 不支持 | 主坐标分析，可输出排序图、得分、碎石图等 |
| DISTLM | 支持 | 不支持 | 基于距离/相异性的线性模型，用于解释预测变量与多变量响应之间的关系 |
| dbRDA | 支持 | 不支持 | 基于相异性的冗余分析，用于可视化 DISTLM 拟合变化 |
| CAP | 支持 | 不支持 | 主坐标典型分析，可用于组别判别、梯度分析和新样本预测 |
| 质心距离 | 支持 | 不支持 | 计算因子水平对应质心之间的距离 |
| 质心图：主效应图 | 支持 | 不支持 | 展示主效应各水平质心在相似性/相异性空间中的位置 |
| 质心图：交互图 | 支持 | 不支持 | 展示两因子或三因子设计中组合水平的质心模式 |
| 经典多变量控制图 | 支持 | 不支持 | 使用 Hotelling's T2 标准判断监测样本是否失控 |
| 基于相异性的多变量控制图 | 支持 | 不支持 | 基于相似性/相异性矩阵和排序轴实现多变量监测控制图 |
如何选择版本？
| 使用需求 | 建议版本 |
|---|---|
| 主要进行数据整理、相似性/相异性矩阵计算、聚类、排序、图形展示和常规群落探索 | PRIMER 8 Lite |
| 需要 PERMANOVA、多因子设计、重复测量、裂区设计、协变量、PERMDISP、DISTLM、dbRDA、CAP 或多变量控制图 | PRIMER 8 with PERMANOVA+ |
| 科研团队、课题组、环境评价机构或长期监测项目，希望覆盖更复杂的数据结构和统计检验 | PRIMER 8 with PERMANOVA+ |
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