PLS_Toolbox 常见问答（一）

问：如何将三维数据导入 Solo 或 PLS_Toolbox？

答：根据数据格式和规模，有以下三种常见解决方案：

方案一：使用内置 EEM 导入器

• 如果您的文件类型适用，可以使用内置的 EEM 数据导入器。目前已支持 Hitachi、Shimazdu、Horiba 和 Jasco 等品牌的 EEM 数据导入。

• EEM 数据需要按特定方式配置：模式 1 对应样品，模式 2 对应发射光谱，模式 3 对应激发光谱。内置导入器会自动处理此配置。若手动导入，可能需进一步调整，可使用 Transform → Permute modes 和 Transform → Reshape 菜单项进行相应修改。

方案二：适用于少量切片的三维数据

• 将数据切片逐一导入工作区浏览器（可通过主分析界面菜单项 FigBrowser 打开）。

• 每个切片（矩阵）单独导入。例如，若有一个 10×8×3 的数组，则需导入三个 10×8 的切片。

• 使用鼠标将切片二拖拽到切片一上，在弹出窗口中选择 Augment，然后选择在 Slabs 方向上进行增广，即可形成三维数组。按相同方式可继续添加更多切片。

• 或在数据集编辑器中打开一个切片，然后通过 File → Import 添加更多切片，导入时按上述步骤执行。

方案三：适用于大型三维数据

• 在数据集编辑器中，若数据已组织为二维矩阵形式，可将其导入后通过 Transform → Fold into 3-way 折叠为三维数组。

• 例如，若三个切片在一个表中纵向排列，导入后使用“Fold into 3-way”并指定切片数量为 3，数据将自动重排。

• 导入结果会将切片置于数据集的第 3 模式。若这些切片代表不同样品（如 EEM 数据），需使用 Transform → Permute 重新排列维度顺序（如排列为 [3 2 1] 可将切片移到第 1 模式）。

问：能否在 PLS_Toolbox 中执行 PARALIND 分析？

答：可以。PARALIND 本质上是一种 PARAFAC 模型，其中部分组分矩阵受线性依赖关系约束。例如，可指定得分矩阵有五列（五个组分），但组分一和组分三必须相同，或组分四等于组分一到三之和。PLS_Toolbox 允许在所有模式中实施此类约束。

以下示例代码演示了 PARALIND 的配置方法：

% 加载氨基酸 EEM 荧光数据作为示例

% 这些数据不需要 PARALIND，此处仅为演示

>> load aminoacids

% 定义模式二的依赖关系

% 实际载荷将由三组向量乘以 H_B 得到

>> H_B = [1 0 1;0 0 1;0 1 0]; % 模式 2 依赖矩阵

% 定义模式三的依赖关系

% H_C 为 2×3，因此模式三载荷实际定义为两列矩阵乘以 H_C

% 本例中，H_C 的第二行定义载荷二和载荷三必须相同

>> H_C = [1 0 0;0 1 1]; % 模式 3 依赖矩阵

% 配置 PARAFAC 以在两个模式中执行 PARALIND

>> opt = parafac('options');

>> opt.constraints{2}.type = 'rightprod';

>> opt.constraints{3}.type = 'rightprod';

% 设置实际依赖矩阵

>> opt.constraints{2}.advanced.linearconstraints.matrix = H_B;

>> opt.constraints{3}.advanced.linearconstraints.matrix = H_C;

% 拟合模型

>> model = parafac(X,3,opt);

% 绘制模式三的三个载荷（略微偏移），可见其中两个相同

>> close

>> plot(model.loads{3}*diag([1 1 1.01]));

问：能否在多台电脑（如台式机和笔记本电脑）上安装 PLS_Toolbox（或 Solo）？

答：根据单用户许可协议，允许在多台计算机上安装软件产品，前提是：

• 这些计算机仅由获得许可的终端用户本人访问；

• 同一时间只有一份副本在使用中。

因此，例如可在台式机和笔记本电脑各安装一份，只要同一用户在不同时使用即可。

在以下条件下，也允许多个终端用户使用单用户许可证：

• 软件仅安装在一台计算机上；

• 该计算机要求终端用户必须本人到场才能使用（如实验室中的公用计算机）；

• 同一时间只有一位用户在使用（不允许并发登录）。

注意：允许在虚拟 PC（虚拟机）上安装。虚拟机视为与物理机同等对待，只要许可证持有者遵守上述许可条件即可。

许可协议不允许单用户许可证安装在多台供多人使用的计算机上，也不允许多用户通过网络访问单用户许可证。若多用户在多台计算机上访问软件，则每人需拥有自己的单用户许可证，或使用带许可证服务器的浮动许可证来限制同时使用的副本数量。

问：如何提高 PLS_Toolbox 或 Solo 的性能？

答：性能改进可从多个方面入手：

硬件方面

• 使用 64 位系统

• 尽可能增加内存

• 使用固态硬盘（SSD）

• 参考 MathWorks 硬件选择指南

软件方面

• 尝试不同版本的 MATLAB（2014a 之后图形性能有较大变化）

• 关闭不使用的程序

• 关闭不使用的 PLS_Toolbox/Solo 窗口

• 单独执行预处理

• 使用内存节省步骤

图形性能

• 确保显卡驱动为新版本

• 尝试更改渲染器（参考 MathWorks 相关文档）

• 对数据进行下采样处理，可使用 coadd_img 等工具

针对旧版本（Mac 平台约 2008–2014 年）的解决方案

• 使用最新版 PLS_Toolbox

• 通过 Matlab → Preferences → Java Heap Memory 增大 Java 堆内存

• 对于 2011a 及以上版本，可通过 java.opts 文件禁用屏幕菜单

• 尝试不同版本的 MATLAB

• 隐藏模型缓存（Analysis Tools → View Cache → Hide Cache Viewer）

• 设置 Quartz 渲染

• 定期重启 MATLAB

根据 MathWorks 的说明，MATLAB 图形性能在 Windows 下通常优于 Mac 平台，主要由于 Windows API 支持“即时模式”绘图，而 OS X 的“滞后模式”限制了原始性能。