PyMOL 软件常见问答

本文整理了 PyMOL 使用过程中常见的若干问题与解答，内容涵盖安装、许可证配置、版本兼容性及远程桌面显示等方面，供用户参考。

问：许可证文件能否全局安装，而非仅针对单个用户？

答：可以。许可证文件可放置于 $PYMOL_PATH/license.lic。要确定 $PYMOL_PATH，可在 PyMOL 中通过诊断命令获取该路径。

示例（您的系统可能有所不同）：

• Windows：C:\ProgramData\PyMOL\share\pymol\license.lic

• macOS：/Applications/PyMOL.app/Contents/share/pymol/license.lic（对 Gatekeeper 不友好）

• Linux：$HOME/miniforge/share/pymol/license.lic

此外，在仅启用 SLM 的版本中，PyMOL 还会在以下位置搜索许可证文件：

• Windows：C:\ProgramData\Schrodinger\licenses

• macOS：/Library/Application Support/Schrodinger/licenses

• Linux：/opt/Schrodinger/licenses

问：收到新的许可证文件后应如何处理？

答：请勿直接打开该文件。将其保存到您的工作站上，然后在 PyMOL 提示您提供许可证时，浏览到该文件所在位置即可。

问：为什么我的许可证文件无法使用？

答：如果您使用的是较旧的许可证文件，可能需要在此处下载新的 SLM 许可证文件。否则，您的许可证文件可能已过期。初次启动 PyMOL 时，命令日志会显示“License Expiry date: ”以及到期日期。如有更多疑问或顾虑，请联系我们。

问：旧版本的 PyMOL 在哪里可以找到？

答：包含旧许可系统的先前 PyMOL 版本已从网站移除。当前可获取的最早向后移植版本为 2.5.10。如在使用可用版本时遇到任意问题，请联系我们。

问：PyMOL 能否与其他 Python 安装（系统 Python、Homebrew、MacPorts 等）配合使用？

答：很可能不会。但如果您缺少某个 Python 包，它很可能可以从 Anaconda Cloud 获取。我们的所有软件包均基于 Anaconda Python 发行版，并随附 conda 包管理器。

问：PyMOL 2.0/3.0 能否为 PyMOL 1.x/2.x 导出会话文件？

答：可以。请使用 pse_export_version 设置（如果您在 Python 3 下遇到问题，请告知我们）。

问：在远程桌面上打开 PyMOL 时，为什么会出现“Could not initialize GLX”？

答：对于配备 NVIDIA GPU 的远程系统，请尝试使用以下命令启动 PyMOL：

__GLX_VENDOR_LIBRARY_NAME=mesa ./pymol

或者__GLX_VENDOR_LIBRARY_NAME=nvidia ./pymol