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SnapGene - 分子生物学软件

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SnapGene是一款多功能的分子生物学工具,能够直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享注释文件,帮助用户清晰地为分子生物学绘制相关图形,生物相关的用户不要错过!

 

SnapGene可帮助用户计划,可视化和记录您的日常分析生物学程序,并为大家提供更安全的方法,现在DNA构建体都可以用电子格式记录,它节省了大量的时间和金钱,并且方便使用者发现问题,制作决策和方案,软件界面友好,使用方便,是款很好的工具。

 

功能

 

DNA可视化

查看DNA序列的多个视图

  • 地图:自定义,酶位点,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式

 

序列:使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色。单链模式显示具有彩色的紧凑概览

 

 

  • 酶:从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序

 

 

  • 功能:按名称、位置、大小、颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

 

  • 引物:按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

 

 

  • 历史:查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。

 

大序列

浏览染色体大小序列

  • 查看:利用SnapGene的数据处理功能,扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

  • 搜索:使用的MICA算法即时在染色体内找到序列

  • 缩放:使用多功能控件调整缩放系数和显示区域

 

蛋白质可视化

查看蛋白质序列的多个视图

  • 地图:自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

  • 系列:使用具有相关功能的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

  • 属型:查看蛋白质的分子量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

  • 属性:按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换

  • 历史:查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生

 

直观的序列编辑

编辑DNA和蛋白质序列

  • 标准编辑:进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能

  • DNA结束:编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯

 

序列颜色编码

将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

  • 给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见

 

属性注释

自动注释常用功能,或手动注释新颖功能

  • 自动检测:使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中您选择的功能可以添加到自定义数据库中

  • 手动注释:选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用的GenBank兼容空间注释

 

模拟

SnapGene提供优雅、信息的窗口,用于模拟常见的克隆换个PCR方法

 

限制性站点指标:确认限制性网站适合克隆

  • 属性:以粗体显示的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

  • 甲基化敏感性:限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

  • 性质:利用工具提示来避免有问题的限制网站

 

 

限制性克隆

可视化克隆过程

  • 如果您已经准备好了过程,那么模拟需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。

 

聚合酶链反应

模拟标准PCR

  • 使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录上存储模板和引物。

 

重叠延伸PCR

通过重叠延伸PCR融合片段

  • 组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。

 

引物定向诱变

使用诱变隐去进行定点诱变

  • 选择诱变引物,然后按按钮以查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

 

网关®克隆

模拟网关®BP克隆或LR克隆,或两者在同一时间

  • 为了方便起见,提供了公共的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,Snap Gene将设计引物。

 

Gibson组装

通过融合八个片段或通过将八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种克隆方法。

  • 选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

 

IN-FUSION®克隆

通过将八个片段插入载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。融合克隆是创建基因融合的一种通用的方法。

  • 选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反方向PCR产生。

 

TA和GC克隆

通过TA或GC克隆捕获PCR产物

选择常规TA克隆或高校GC克隆

  • 为了方便起见,通过了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。

 

退火寡核苷酸

将两个寡核苷酸退火以形成双链产物

  • 使用的控件添加突出端以进行限制性克隆。

 

避免错误

使用SnapGene的结构是正确的,并确认已获得的序列。

 

基因融合阅读框

构造中的翻框架中。

  • 链接的翻译

使用“序列”视图可以查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果这样,翻译将链接在同一行上。如果不是,则翻译在单独的行上。

 

 

与参考序列比对

使用功能的对齐工具检查实际结构是否与模拟结构匹配。

  • 映射概述

查看比对序列与参考序列匹配的地方以及存在差异的概述。

  • 序列详细信息

 

自动记录

SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录,并将原型构造在文件中。

 

“撤销”功能

撤销几何操作。

尝试SnapGene文件而感到—重复步骤。

 

 

历史和原型

查看构造的图形历史记录

单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。

在历史树中单击原型,以重新生成该原型序列文件,其注释和克隆历史记录。

 

历史颜色

使用可选的历史记录颜色来标识序列的更改

查看有关组装结构的详细信息,结扎的粘性末端。

 

拥有您的数据

SnapGene使您可以选择读取和共享文件,同时保持对数据的控制。

 

安全文件管理

将SnapGene文件保存在的位置。

使用计算机上熟悉的安全操作系统来存储和组织SnapGene文件,

 

 

从格式导入

读取常见的文件格式

导入DNA序列,还导入注释。将继续开发进口商,以您不会被锁定的文件格式。

 

导出为标准格式

将序列,图谱或凝胶图像转换为标准格式。将地图或模拟的穷糖凝胶导出为常见的图像格式。

 

与SnapGene Viewer共享数据

需将文件和链接发送到SnapGene Viewer。就像的SnapGene界面一样,收件人将能够看到图,序列和注释。

 

SnapGene 7.0引入了更新的外观和增强的数据管理功能。使用选项卡轻松导航文件和文件夹,并直接从新文件夹面板执行基于序列和元数据的文件搜索。其他增强功能包括新的引物插入注释和各种可用性改进。

 

选项卡式界面

使用新的选项卡式界面在文档之间导航,或将文档弹出到单独的窗口中以进行比较。

 

 

文件和文件夹管理

选择文件系统上的任意文件夹作为项目,并直接在新的可折叠文件夹面板中快速查看子文件夹和文件。执行标准文件运作并快速浏览所有支持的文件类型。

 

 

文件搜索

通过灵活、现代的界面,使用名称或类型、包含序列、特征注释等属性在项目中快速查找文件。

 

 

入门注释

在更新的添加/编辑引物对话框中可视化添加到引物的插入,例如酶、密码子或短肽序列。感兴趣的区域(Golden Gate限制位点、Gateway克隆attB位点、定向TOPO基序)现在也为自动设计的引物进行了注释。

 

 

预览检验到的新序列特征

新的文件窗格现在包含一个序列图,用于预览序列中检验到的特征,并允许您选择要包含在序列中的注释。

 

 

开始

使用新的“入门”窗格快速访问近来的文件和文件夹,或通过指向短视频教程、用户指南文章和SnapGene学院的链接了解有关如何使用 SnapGene 的更多信息。

 

系统操作要求:

Windows

SnapGene 5.1 - 6.0:Windows 7或更高版本(64位仅适用于Intel)。  

SnapGene 6.1 - 7.0:Windows 10或更高版本(64位仅适用于Intel)。  

基于ARM的计算机构建的Windows不支持SnapGene。

 

macOS

SnapGene 5.2.5或更早版本:macOS 10.12。  

SnapGene 5.3 - 6.0:macOS 10.13或更高版本。  

SnapGene 6.1 - 7.0:macOS 10.14或更高版本。  

基于Apple ARM的计算机原生支持SnapGene 6.1版及更高版本。

 

Linux

SnapGene 4.0 - 5.2:Ubuntu 16.04、RedHat 6.6和7.2。  

Snapgene 5.3 - 6.0:Ubuntu 18.04、CentOS 7 (1810)或RedHat 7.6。  

SnapGene 6.1 - 7.0:Ubuntu 20.04、CentOS 8 (2105)或RedHat 8.4。  

为基于ARM的计算机构建的Linux 不支持SnapGene。

 

 

硬件要求

 

内存 1GB以上
硬盘 250MB可用磁盘空间
显示 分辨率1440×900或分辨率

 

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