分子生物学软件SnapGene6.2功能概述

1.RNA二级结构视图增强功能

现在显示了次优RNA二级结构。所有结构都可以使用调整后的Tm和其他设置重新计算。可视化和选择功能已得到增强，包括显示和进行跨所有视图同步的序列选择的功能。可以选择显示坐标和 5' / 3' 端部标签。

2.金门组件增强功能

Golden Gate克隆对话框的各种增强功能包括用于评估整体反应保真度的连接保真度矩阵，现在可以调整手动设计的引物的悬垂。还有一个新选项，可以用任意酶（不仅仅是IIS型酶）切割载体，以及一个更新的设置对话框，可以轻松访问建议的酶。

3.PCR克隆模拟中引物设计的改进

您现在可以调整所有PCR克隆模拟（例如PCR，金门，吉布森，融合中等）的杂交区域。使用自动引物设计时，杂交区域将自动配置，确保当5'引物延伸偶然部分杂交到模板时，杂项特征不会转移到产品中。

4.蛋白质特性增强

以文本或电子表格 （*.csv / *.tsv） 格式复制或导出完整蛋白质序列或选定区域的属性和氨基酸数据。也可以直接从视图中复制单个属性。

5.现代化的工具栏、应用程序和文档图标

SnapGene 现在使用顶部工具栏中的现代化图标。应用程序图标和文件图标也已更新。

SnapGene 6.2版本中的一切功能变化

新功能：

1. 次优的RNA二级结构
2. 可以使用调整后的Tm和其他设置重新计算RNA结构
3. 在“结构”视图中显示和进行序列选择
4. 坐标和 5' / 3' 端标签可以选择显示在结构视图中
5. 在结构视图的右上角添加了菜单，以重置窗格、旋转和缩放
6. 在金门装配工具中添加了连接保真度矩阵，用于评估总体反应保真度
7. 用任意酶（不仅仅是IIS型酶）切割金门组装载体
8. 在模拟金门组件时调整手动设计的引物的悬垂
9. 调整所有PCR克隆模拟的杂交区域。使用自动引物设计时， 混合区域将自动配置，确保杂项功能不会转移到产品中 当5'引物延伸偶然与模板部分杂交时。
10. 复制或导出完整蛋白质序列或选定区域的属性和氨基酸数据
11. 复制单个蛋白质特性

增强：

1. 检查并防止模拟金门装配体，如果两个相邻的片段设置为直接使用，并且 相邻端均缺少 5' 末端磷酸盐
2. 改进了低 DPI 显示器上许多图标的外观
3. 在蛋白质比对的选择栏中显示选定的分子量
4. 改进了尝试连接缺乏5'末端磷酸盐的线性片段时显示的错误消息
5. 更新了“金门组装”对话框，可轻松访问建议的酶
6. 改进了将 FASTA 编码序列粘贴到“新建文件”对话框中时的默认序列名称
7. 现代化的应用程序、文件和各种其他图标
8. 添加了NEBuilder® HiFi DNA组装和TOPO®克隆教程视频的链接。
9. 在金门克隆迷你概述中显示相邻悬垂的互补基础
10. 查看 RNA 二级结构时默认缩放以适合

修复：

1. 修复了在请求时有时不显示与参考文献对齐的序列质量的问题
2. 改进了 macOS 上选项卡控件的外观
3. 改进了 macOS 上滑块控件的外观，并Xiu复了阻止垂直缩放峰值的问题 用于与参考序列对齐的迹线
4. 提高整体稳定性
5. 修复了当金门位点被甲基化阻塞时阻止模拟金门克隆的问题 存在于嵌件或组装产品中
6. 更正了将使用自定义遗传密码（例如琥珀色）导出到GenBank的翻译特征时的问题 应省略 /transl_table 限定符，而是使用 /note 限定符对此信息进行编码
7. 修复了导入包含空序列的多序列 GenBank 文件（仅名称）时出现的问题
8. 修复了使用导入时有时从NCBI导入的蛋白质序列作为DNA或RNA导入的问题 额外功能选项
9. 修复了在核糖体滑移位点上游和下游选择密码子的问题
10. 修复了有时阻止将基底对齐到内部不匹配区域的问题
11. 确保“显示历史记录”始终是历史记录视图的文本表示形式的蓝色可单击链接
12. 更正了新创建的序列的默认甲基化，以匹配首选项中指定的默认菌株
13. 使用紧凑模式时禁用序列视图上下文菜单中的 3 个字母氨基酸Cao作
14. 修复了Jian测常见功能时崩溃的问题
15. 修复了与参考文献对齐的所有序列有时不显示质量数据的问题
16. 修复了从网页复制并粘贴到描述面板或 其他富文本控件
17. 更正了使用深色模式时无法准确显示要素颜色的问题
18. 解决了在蛋白质序列中创建特征的许多问题
19. 一次只允许显示对齐对话框的单个副本
20. Xiu复侧边工具栏中“显示为不间断圆圈”按钮的水平对齐
21. 在序列视图中单击并按住密码子时不显示光标
22. 避免从“窗口”菜单中显示打开的文档的重复副本
23. 在配置为使用非英语区域设置（如 德语，但应用程序未翻译成德语
24. 从要素类型级联菜单中删除了重复的“站点”要素类型
25. 改善打印RNA结构时的打印区域
26. 修复了打印的RNA结构有时模糊的问题
27. 修复了在任意选择的上下文中将鼠标悬停在序列视图上时显示 I 型光标的问题 无法制作，例如“静默诱变”对话框
28. 修复了无法在 macOS 上检测首选语言的问题
29. 修复了简化时有时会在克隆dilaogs中列出错误数量的结合位点的问题 显示结合位点
30. 修复了自动设计和手动指定的引物并不总是显示退火的问题 以相同的方式到模板
31. 修复了使用多个屏幕时的各种问题。
32. 各种文本更正
33. 修复了在模拟重叠延伸 PCR 时尝试直接使用线性片段时的稳定性问题
34. 修复了以下问题：如果 片段已经包含一个或多个金门酶位点。
35. 修复了在 macOS 上使用多个显示器时窗口并不总是显示在逻辑显示器上的问题。
36. 改进了打开较旧的 Geneious 文件。
37. 修复了备用脚本（亚型）已不连贯地列出并因此未直接导入的问题 从另一个文件输入要素时。
38. 修复了可能阻止批量导入功能的问题
39. 修复了导入酶列表时未知条目作为 AanI 导入的问题。
40. 修复了以下问题：在以下情况下，使用“选择引物”指令无法为线性载体或片段设计引物 您没有首先做出选择。SnapGene现在可以正确设计引物以使用整个线性序列。
41. 修复了将片段数更改为 1 时的稳定性问题。
42. 修复了以下问题：如果Overalap扩展PCR中的第一个或Zui后一个片段未通过PCR扩增，则正向 和/或用于扩增组装的线性片段的反向引物在使用 选择引物Ming令。
43. 从矢量生成器固定排序
44. 修复了有关在 Windows 上打印字体和打印的详细信息的链接
45. 改进了在低分辨率和高分辨率显示器之间拖动窗口时的渲染按钮和图像
46. 修复了各种内存泄漏
47. 修复了未识别熔解温度低于30 C的引物结合位点的问题
48. 改进了辅助结构缩放控件的行为
49. 改进了矢量 NTI 数据库中的解码特征类型
50. 删除了 MAFFT 惩罚班次设置，因为它有问题
51. 更新了指向用户指南和用户指南文章的链接