DNA序列分析软件
DNA序列分析软件Sequencher可与DNA测序仪配合使用,并重叠群组装,较短的学习曲线,用户友好的编辑工具以及的技术而闻名。
生命科学人员将Sequencher用于不同的DNA序列分析应用程序,从头基因测序,突出检测,法医鉴定,系统学等。
Sequencher内含多种拼接算法,还有功能的序列编辑工具、具有ORF分析,没切点作图、杂合子识别等分析功能。可以应用于杂合子和SNP的检测和分析, cDNA到染色体DNA的大型间隙对准,比较排序,对置信评分的,ROD转换,GeneBank化导入、以及限制酶映射等等,序列比对可直接用MEGA操作,编辑更为方便,比对时间稍短。Sequencher新版本为5.4.6。
DNA序列分析的新功能和增强功能:
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Sanger从Primer - BLAST发送引物对序列,在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目使用项目窗口中的共享序列作为混合测序项目的NGS比对的参考序列。
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New Batch Revert Trim Ends命令
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能够在项目窗口中调整字体大小
NGS:
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更快的GSNAP 和BWA-MEM工作流程
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构建可重复用于与全基因组比对的GSNAP数据库和BWA索引
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使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的得分和元数据
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成本变体调用文件(VCF)以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体
RNA-Seq:
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扩展袖和套装,加入Cuffquan和Cuffnorm
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Cuffdiff 和 Cuffnorm 的条件和重复编辑器
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增强的RNA-Seq可视化,具有自定义排序和过滤选项
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使用增强的外部数据浏览器管理DNA-Seq和RNA-Seq项目
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多种可拍之的DNA组装算法
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的DNA序列编辑工具
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序列数据置信度值
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的参考序列和方差表可地找到SNP
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的限制映射
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广泛的数据导入和导出功能,可定制的GenBank功能处理
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用于法医mtDNA分析的工具
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的HTML帮助
研究领域
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病理学
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遗传学
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病毒学
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微生物学
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系统学
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法证
系统要求
Mac要求:
Mac平台当前版本的Sequencher 5.4.6版本:10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14
在Mac上Sequencher的硬盘空间要求为355MB
在Mac上运行Sequencher的内存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具处理NGS数据需要额外的6GB RAM。对于GSNAP,建议16GB。
Windows要求:
操作系统:Windows 10,Windows 8.1,Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.
Windows上Sequencher的硬盘空间为280MB。
在Windows上运行Sequencher的内存要求是3GB RAM。
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