DNAMAN 分子生物学序列分析软件

DNAMAN 是面向分子生物学应用的软件包，可为序列分析提供集成系统。用户可在同一软件环境中进行限制性分析、多序列比对、PCR 引物设计、蛋白质序列分析和质粒绘图等工作。

DNAMAN 可用于 Microsoft Windows、OSX 和 Linux。三个平台上的 DNAMAN 文件共享相同格式，便于 Windows、Mac OSX 和 Linux 之间进行文件沟通和跨平台工作。

Lynnon Biosoft 面向基因组科学教育、研究和开发提供生物信息学软件平台。DNAMAN 软件包可作为序列分析和数据挖掘工具，用于大学、研究机构、实验室和科研人员的分子生物学相关工作。

DNAMAN 的功能覆盖序列输入、序列转换、序列搜索、限制性分析、序列组装、同源性分析、多序列比对、系统发育分析、引物分析、蛋白质序列分析、数据库管理和 LBDraw 绘图等模块。

核心功能

DNAMAN 序列为带有关键词格式的纯文本文件，同时支持 GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR 和 GDE 等常见序列格式。软件可使用序列通道将活动序列保存在内存中，以便进行计算。

DNAMAN 可通过下拉菜单命令报告序列组成和分子量，并可将序列转换为反向、互补、反向互补、双链和 RNA 序列。

DNAMAN 提供序列搜索和比较工具，覆盖核苷酸或氨基酸序列、共有序列、开放阅读框和重复序列。用户也可在软件中对 NCBI 数据库或其他基于网络的序列服务器执行 BLAST 搜索。

DNAMAN 为 DNA 序列限制性分析提供界面，分析结果可显示为文本、限制图和限制模式。相关工具还包括电子克隆、从片段重建限制性图谱、静默突变和定向错配。

DNAMAN 使用比对算法组装大量序列，Trace 文件可直接用于组装，SNP 可通过组装后的序列集进行验证。

DNAMAN 可使用点阵图分析大序列中的同源区域，用户可以放大感兴趣的序列区域并直接进行比对。

DNAMAN 提供用于两个 DNA 或蛋白质序列比对的算法；多序列比对可使用 ClustalW 算法和全局比对算法，并可在多比对序列编辑器中进一步修改或调整结果。

DNAMAN 可计算同源矩阵并建立序列对之间的相关距离，生成距离矩阵，并从多序列比对结果中绘制系统发育树或同源树。自举分析可用于系统发育树置信度值。

DNAMAN 为 PCR 引物选择提供多项控制标准。用户可通过设置目标 DNA 区域、PCR 产物大小、引物特性、反应条件和引物配置来优化引物筛选。

寡核苷酸引物可用于解链温度、互补性、错误引物、静默突变和定向错配等项目分析。

DNAMAN 提供蛋白质序列分析工具，包括从两条 DNA 链的六个阅读框翻译、遗传密码表变体、阅读框概述、密码子使用分析、氨基酸组成、亲水性谱、电荷和 pI 分析、二级结构预测和反向翻译。

DNAMAN 使用标准关系数据库引擎 SQLite3 管理 DNA、蛋白质序列和寡核苷酸序列。LBDraw 面向分子生物学绘图使用，适用于相关图形绘制场景。

跨平台文件格式：Windows、OSX 和 Linux 平台上的 DNAMAN 文件共享相同格式，便于不同平台之间交换文件。
序列项目组织：数据库可用于帮助组织特定研究项目的序列。
网络访问：Windows 版本提供内置 Internet/Intranet 浏览器，可访问 Internet 或 Intranet，并可从浏览器加载序列用于直接分析。